Bei Arbeitnehmern wird die auf den Arbeitslohn zu zahlende Einkommensteuer im Wege des Abzugs vom Arbeitslohn erhoben (Lohnsteuer). Mit dem Steuerabzug ist das Besteuerungsverfahren im Allgemeinen abgeschlossen, es sei denn, dass für den Arbeitnehmer nach Ablauf des Kalenderjahres noch die Pflicht zur Durchführung der Veranlagung zur Einkommensteuer besteht bzw. diese vom Arbeitnehmer beantragt wird.
Der Arbeitgeber hat die Lohnsteuer bei jeder Lohnzahlung für seine Arbeitnehmer einzubehalten. Grundlage des Lohnsteuerabzugs sind die individuellen Lohnsteuerabzugsmerkmale, die in einer zentralen Datenbank der Finanzverwaltung (Elektronische LohnSteuerAbzugsMerkmale - ELStAM) dauerhaft gespeichert sind und dem Arbeitgeber zum elektronischen Abruf bereitgestellt werden. Gespeichert sind z.B. Steuerklasse, ggf. Faktor, Zahl der Kinderfreibeträge, andere Freibeträge, aber auch das Kirchensteuermerkmal.
Im Laufe des Kalenderjahres zu viel einbehaltene Lohnsteuer wird dem Arbeitnehmer nach Ablauf des Jahres erstattet. Das geschieht im Wege des (betrieblichen) Lohnsteuer-Jahresausgleichs beim Arbeitgeber, den dieser in bestimmten Fällen durchzuführen hat, und/oder durch eine Antragsveranlagung des Arbeitnehmers beim Finanzamt (z.B. um nachträglich Werbungskosten berücksichtigen zu lassen).
In bestimmten Fällen ist auch für Arbeitnehmer zur Feststellung der Jahressteuerschuld eine Veranlagung zur Einkommensteuer zwingend vorgeschrieben. Hierbei handelt es sich insbesondere um die Fälle, in denen der Arbeitnehmer noch andere Einkünfte bezogen hat oder ein Freibetrag im Lohnsteuerabzugsverfahren berücksichtigt wurde und der vom Arbeitnehmer erzielte Arbeitslohn bestimmte Grenzen übersteigt. Bei der Veranlagung zur Einkommensteuer werden ebenfalls zu viel einbehaltene Steuern erstattet, aber auch zu wenig erhobene Steuern nachgefordert.