Damit diese Herausforderungen bewältigt werden können, verfolgt das Land mit der Neuorganisation auch das Ziel, die Betriebsprüfung zu stärken. Aus diesem Grund werden die Amtsbetriebsprüfungsstellen zum 1. Januar 2024 in die Betriebsprüfungshauptstellen integriert. Bisher waren sie für die Prüfung von kleineren Betrieben des eigenen Finanzamtsbezirks zuständig. Dadurch wird die Anzahl der Betriebsprüfungshauptstellen von bisher 30 auf nunmehr 21 gestrafft.
Dies hat Auswirkungen auf die Prüfungszuständigkeit. Betriebsprüfungen, die bereits begonnen und vor dem 31. Dezember 2023 nicht abgeschlossen sind, werden grundsätzlich von der bisherigen Prüferin oder dem bisherigen Prüfer fortgeführt. Sofern diese ab dem 1. Januar 2024 für ein anderes Finanzamt tätig sind, werden die betroffenen Bürgerinnen und Bürger oder Steuerberatungen über den gesetzlichen Zuständigkeitswechsel schriftlich informiert.
Darüber hinaus kann es in wenigen Fällen vorkommen, dass Prüfungsanordnungen ergänzt werden müssen. In diesem Fall versenden die Finanzämter entsprechende Schreiben.